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清军入关后，虽然镇压了声势浩大的农民军和东南、西南以及其他各地的抗清力量，建立了全国的封建统治，但实际上在康熙初期，南方尚有“三藩割据”，东南海上郑成功的子孙还占据着台湾，西北边疆蒙古准噶尔部也未臣服。康熙为了实现全国统一，不得不进行“南征北战”。
“三藩”，是指镇守云南的平西王吴三桂、镇守福建的靖南王耿精忠和镇守广东的平南王尚可喜之子尚之信。他们割据一方，并不断向外发展，严重威胁着清朝政府的统治。1673年，康熙以尚可喜奏请归老辽东为机缘，开始撤藩。撤藩令一下，吴三桂即于当年十一月在云南发动暴乱。康熙十三年(1674年)初，吴三桂率军攻入湖南，平南王的女婿广西将军孙延龄、靖南王耿精忠先后响应。随后，云贵、四川、湖广、闽粤、甘陕等地握有重兵的清军提镇大员也纷纷竖起叛旗。清朝廷采用打击与安抚相结合的办法，最后于康熙二十年(1681年)十月，平定了历时八年之久的“三藩”之乱。
“三藩”之乱平定之后，统一台湾成为清政府必须解决的问题。康熙二十年(1681年)，清朝廷派大将姚启圣、施琅进攻台湾。康熙二十三年闰六月，施琅攻下澎湖，据守台湾的郑成功的孙子郑克爽投降。八月，清军胜利进驻台湾。第二年，清政府在台湾设立一府(台湾府)三县(台湾、凤山、诸罗)，隶属于福建省，从而使台湾归入中国的版图。
康熙初年，居住在天山北路的蒙古族中的厄鲁特准噶尔部的封建大地主噶尔丹合并了其他三部，占据了天山南路各城。1690年，噶尔丹在沙俄支持下，率兵向内蒙古进攻。康熙帝为了维护国家的统一，巩固自己的统治，先后三次亲自带兵出征，1690年，大败噶尔丹于乌兰布通。噶尔丹在清兵的追击下，于1697年败死。后来，其侄子策妄阿拉布坦又发动叛乱，康熙帝1720年再次带兵出征，平定了叛军。1757年，乾隆帝又派兵平定了准噶尔贵族阿睦尔撒纳的叛乱。至此，准噶尔部才终于臣服。清政府设立了伊犁将军、参赞大臣等，率兵分驻伊犁、塔城等地，加强了对天山北路的统治。
雍正五年(1727年)，清政府在西藏设置驻藏大臣，以监督西藏地方事务。乾隆五十七年(1792年)，英国殖民者唆使尼泊尔封建主入侵西藏，被清政府击败。清政府对西藏的政治、经济、军事进行了一系列的重大改革，使西藏地区与中央政府之间的关系更加密切。
在少数民族众多的西南地区，清政府于1726年至1731年间，实行了“改土归流”的政策，即由朝廷直接派遣的流官代替原来由少数民族世袭的土司，从而削弱了土司的势力，消除了这些地区的割据状态，加强了统治。
1757年，南疆回部首领大、小和卓木煽动维吾尔族贵族发动叛乱。在各族人民的帮助下，清政府于1759年粉碎了这次叛乱活动，制定措施加强和巩固对天山南路的统治。1820年，大和卓木的孙子张格尔在英国侵略者的唆使下，率叛军窜入天山南路各城，要恢复对“回疆”的统治。1827年，清军在维吾尔族人民的支持下，收复叛军，并俘获了张格尔，收复了天山南路各城，恢复了祖国的统一。
经过一系列征战之后，清政府实现了国家的真正统一。清朝前期，我国的疆域西达葱岭和巴尔喀什湖，北接西伯利亚，东到太平洋，南面包括南沙群岛。当时，生活在统一的封建国家内部的民族成员有汉、满、蒙古、回、藏、维吾尔、壮、苗等50几个民族。统一的多民族国家的建立，加强了各族人民间经济和文化的联系，促进了边疆地区的开发。